故事发生在未来的时空之中，犬流感的肆虐让市长（野村训市 配音）颁布的狗狗流放法案，将城市里的所有犬类都投放到了“垃圾岛”之上，任它们自生自灭，市长家的护卫犬点点（列维·施瑞博尔 Liev Schreiber 饰）首当其冲。就这样，本来被养在家中锦衣玉食的狗狗们，都成为了要在垃圾堆里找食物吃的流浪狗。 首领（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 配音）、君主（爱德华·诺顿 Edward Norton 配音）、老板（比尔·默瑞 Bill Murray 配音）、公爵（杰夫·高布伦 Jeff Goldblum 配音）和国王（鲍勃·巴拉班 Bob Balaban 配音）是岛上的五只流浪狗，它们通常结伴行动。一天，市长的养子阿塔里（科宇·兰金 Koyu Rankin 配音）忽然驾驶着飞机降落在了岛上，他要在这里寻找他一生的挚友点点。
城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德（布莱恩·泰 Brian Tee 饰）逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。
